عرض مشاركة واحدة
  #29  
قديم 12-02-2015, 09:40 PM
رافت ابراهيم رافت ابراهيم غير متواجد حالياً
عضو ذهبي
 
تاريخ التسجيل: Dec 2011
المشاركات: 520
افتراضي الطفرات في عضو من الفصيلة رأس من البروتينات ملزم gtp صغيرة يسبب متلازمة بارديه-بيدل

 

http://www.nature.com/ng/journal/v36...ll/ng1414.html


RAB، والعوامل ADP-ribosylation (ARFs) وARF مثل (ARL) بروتينات تنتمي إلى الفصيلة رأس من البروتينات ملزم GTP صغيرة وضرورية لمختلف الاتجار غشاء المرتبطة داخل الخلايا العمليات 2. أي من وترتبط 50 أعضاء معروفين من هذه العائلة إلى الأمراض التي تصيب البشر. باستخدام شاشة بيوينفورمتيك للجينات الهدبية في تركيبة مع التحليلات طفرية، حددنا ARL6 كما الجينات الكامنة بارديه-بيدل نوع متلازمة 3، وهو اضطراب multisystemic تتميز السمنة، والعمى، polydactyly، تشوهات الكلى وضعف الادراك 4. وكشف لنا أربعة بدائل متماثل مختلفة في ARL6 في أربع أسر لا علاقة المصابين بمتلازمة بارديه-بيدل، اثنان منها تعطيل بقايا ثريونين هامة لGTP ملزمة 5 وظيفة 7 من عدة بروتينات ملزمة GTP صغيرة ذات الصلة. تحليل homolog انواع معينة ايليجانس ARL6 يشير إلى أن يتم التعبير عن ذلك على وجه التحديد في الخلايا المهدبة، وأنه، بالإضافة إلى وظائف حشوية المفترضة من البروتينات ARL، فإنه يخضع النقل intraflagellar. هذه النتائج توريط بروتين ملزمة GTP صغيرة في النقل الهدبية والتسبب في اضطراب عديد المظاهر.

أهداب والأسواط والقديمة، والعضيات حقيقية النواة الحفظ تطويريا أن المشروع من الخلايا والتي تم تكييفها من قبل الكائنات الحية من الاضطلاع بوظائفها البيولوجية المتنوعة 8. الجمعية والصيانة وظيفة الأهداب والأسواط تعتمد على وسائل النقل intraflagellar (IFT)، وترتبط عيوب في هذه العملية النقل القائم على أنيبيب وظيفة الأهداب مع العديد من الأمراض التي تصيب الإنسان، بما في ذلك متلازمة بارديه-بيدل (BBS) 9 ، 10. وقد تم تحديد الجينات الكامنة سبعة من ثمانية مواضع المعروف أن تترافق مع BBS 11؛ فقط الجين المتحور في نوع BBS 3 (وتسمى BBS3)، المعين من قبل ل3p12 (الحكام. 12، 13)، ظلت مجهولة الهوية. ويعتقد BBS أن يؤدي إلى حد كبير من اختلال وظيفي الهدبي، لأن الخسارة من وظيفة الطفرات في C. ايليجانس BBS-7 و BBS-8 بنية حل وسط الأهداب وتعمل 14 والتدخل RNA النتائج كلاميدوموناس BBS5 في فقدان سياط 11. والجدير بالذكر أن جميع المعروفة C. ايليجانس يتم التعبير عن الجينات BBS حصرا في الخلايا مع أهداب، وذلك بسبب وجود DAF 19 RFX موقع ملزمة عامل النسخ (X مربع) في المروجين لها 10، 11. افترضنا أن C. سوف ايليجانس ortholog من BBS3 الإنسان يحتوي أيضا هذا العنصر التنظيمي، والتي من شأنها أن تسمح لنا لتحديد المرشحين من> 90 الجينات التي تعين الفاصل BBS3 النقدي 12، 13، 15. ولدت لنا تسلسل إجماع X-مربع من مجموعة تدريب 14 C. الجينات ايليجانس تحتوي على صناديق X أن من المعروف أن أعرب بدقة في الخلايا المهدبة واستخدمتها لمسح C. ايليجانس الجينوم. حددنا 368 الجينات مع تسلسل X-مربع خلال 1.5 كيلوبايت من كودون البداية، 168 من الذي كان له ortholog الإنسان الحقيقيين (قيمة E 10 -6)؛ ثلاثة من هذه وقعت في الفترة الحرجة BBS3 (الشكل 1A). الجين الأول، ESRRBL1، وربما كان ortholog البشري من C. وأعرب عن ايليجانس تشي-13. تشي-13 حصريا في الخلايا العصبية المهدبة وله دور مهم في IFT 16، وهكذا كان ESRRBL1 مرشح ممتاز لBBS3. الجين الثاني بترميز DKFZp761H079 البروتين افتراضية، وهو عضو في الأسرة ARL من الملزم GTP بروتينات صغيرة 2. يرتبط تسلسله ارتباطا وثيقا ARL2، وكنا نسميها ARL2 مثل البروتين 1 (ARL2L1). بترميز الجينات الثالث ARL6، وآخر أفراد العائلة ARL 17.

الشكل 1. مواقف وتحليل التعبير عن الجينات المرشحة في المنطقة الحرجة BBS3.

(أ) ويحيط المنطقة الحرجة BBS3 على الصبغي 3 من D3S1302 علامات وD3S1595 (الحكام. 12، 13)، على الرغم من إعادة التركيب في واحدة من الأنساب تشير إلى أن علامة qter هو في الواقع D3S1753 (المرجع 12). وتظهر المواقف النسبية من الجينات الثلاث المرشحة في المنطقة الحرجة BBS3 جنبا إلى جنب مع المعلومات المتعلقة بهم C. homologs ايليجانس. (ب، ج) التعبير عن ARL-6 وY37E3.5 في C. ايليجانس. للصحفيين GFP النسخي وأعرب عن ARL-6P :: GFP (ب) وY37E3.5p :: GFP (ج) في الخلايا العصبية المهدبة للرئيس دودة (على سبيل المثال، amphid والخلايا العصبية الشفوية الداخلية والخارجية) وذيل دودة (phasmids). هو موضح في لوحات هي تدخل الفرق النقيض (DIC)، GFP مضان واندمجت صور من دودة كاملة، وكذلك الصور التكبير أعلى من الرأس والذيل المناطق للديدان معربا عن ARL-6P :: GFP. وأشار رئيس وفصمية الخلايا العصبية المهدبة الذيل بأقواس مربعة ورؤوس سهام، على التوالي. إشارات الفلورسنت على طول أوسط الجذع من الديدان معربا عن ARL-6P :: GFP هو بسبب تألق ذاتي غير محددة من حبيبات الأمعاء.


كامل الشكل وأسطورة (56K) لتقييم احتمال أن ARL6 أو ARL2L1 هو BBS3، نحن مصممون على أنماط التعبير من C. بهم ايليجانس orthologs (ARL-6 وتوقع Y37E3.5 الجينات، على التوالي). ولدت لنا خطوط المعدلة وراثيا معربا-المروج الخضراء بروتين فلوري (GFP) بنيات الانصهار (ARL-6P :: GFP أو Y37E3.5p :: GFP) وتحليلها GFP مضان. مثل المروج تشي-13، والمناطق 5 'غير مترجمة (UTRs) من ARL-6 وY37E3.5 الموجهة التعبير إلى مجموعة فرعية صغيرة من الخلايا الحسية التي مهدبة (الشكل 1B، ج). لكل من الجينات المحورة، لاحظنا إشارات GFP في عدة الخلايا العصبية المهدبة amphid في الرأس وكل من الخلايا العصبية فصمية مهدبة (PHA وPHB) في الذيل (الشكل 1B، ج)، كما ذكرت سابقا عن الجينات الأخرى المرتبطة BBS 10، 11 . نحن أيضا الكشف عن التعبير في غيرها من الخلايا العصبية الحسية مهدبة، بما في ذلك الخلايا العصبية الشفوية الداخلية والخارجية (الشكل 1B، ج) والذكور الخلايا العصبية راي ذيل (لا تظهر البيانات). في حالة Y37E3.5p :: التحوير GFP، ونحن أيضا الكشف عن مضان GFP في أوسط الجذع PDE مهدبة الخلايا العصبية وPQR ذيل مهدبة الخلايا العصبية.

كما أنماط التعبير من C. ايليجانس تشي-13، ARL-6 وY37E3.5 متطابقة أساسا لتلك الخمسة المعروفة C. orthologs ايليجانس الجينات المرتبطة BBS 10، 11، درسنا orthologs الإنسان عن الطفرات في الأسر التي لديها BBS. نحن التسلسل الأطر قراءة كاملة وحدود اكسون-إنترون من ESRRBL1 وARL2L1 في الحمض النووي للفرد المتضررين من عائلة تتسم جيدا من نيوفاوندلاند مع BBS3 (NF-B2؛ المرجع 13)، ولكن لا توجد الطفرات المسببة للأمراض. ومع ذلك، فعلنا تحديد مغلطة متماثل الطفرة 859G C (مما أدى إلى استبدال الحمض الأميني G169A) في ARL6 في هذا الشخص (التين. 2 و3A). فصلت ما بين طفرة مع النمط الظاهري BBS في الأسرة NF-B2 (الشكل 2)، وكانت غائبة عن 100 الكروموسومات السيطرة. درسنا القادم في التركيب الجيني لجميع الأسر الأقارب المتاحة فيما يتعلق BBS مواضع ثمانية. كان الفرد المصاب في عائلة سعودية (KK29) متماثل فيما يتعلق علامات عبر فترة حرجة BBS3، وتكوين الجمعيات للمرض مع جميع مواضع أخرى استبعدت في هذه العائلة. أظهر التسلسل والفصل اللاحق في هذه العائلة أن الأفراد المتضررين، ولكن أيا من أقاربهم تتأثر، كان متماثل فيما يتعلق 445C الطفرة T، مما أدى إلى غير محافظ الأحماض الأمينية تغيير T31M (التين. 2 و3A). للتحقيق عما إذا كانت ARL6 هو BBS3 وتحديد مساهمتها في BBS، قمنا بتوسيع نطاق تحليل الطفرات جهدنا لفوج متعددة الأعراق من 230 عائلة مع BBS وتعرف على اثنين اخرين أسر مع الطفرات التي ربما تكون المسببة للأمراض. في أمريكا الشمالية AR390 الأسرة ويشتبه القرابة، والفرد المصاب، ولكن أيا من أقاربهم تتأثر، كان متماثل فيما يتعلق 862T الطفرة G، مما أدى إلى تغيير غير محافظ الأحماض الأمينية L170W (التين. 2 و3A). وبالإضافة إلى ذلك، حددنا عائلة الأقارب الايرلندية، PB140، الذين حملوا الطفرات 445C متماثل G تؤثر على بقايا Thr31 (مما أدى إلى استبدال الحمض الأميني T31R؛. التين 2 و3A). تم الكشف عن أن أيا من هذه التغييرات في 184 الكروموسومات السيطرة عرقيا يقابل.

الشكل 2. تحليل النسب تبين الفصل بين الطفرات مغلطة في أربع أسر لا علاقة لها مع BBS: طفرة 859G C (مما أدى إلى G169A تغيير الأحماض الأمينية) في الأسرة NF-B2. طفرة 445C T (T31M) في الأسرة KK29. طفرة 862T G (L170W) في الأسرة AR390؛ والطفرة 445C G (T31R) في الأسرة PB-140.
وتستند مواقف النوكليوتيدات للطفرات المذكورة أعلاه على تسلسل ARL6 من بنك الجينات. WT، من النوع البري.


كامل الشكل وأسطورة (10K) الشكل 3. وبقايا تحور في المجموعة ARL6 في أو بالقرب من موقع ملزم GTP في بنية غرار ARF6.
(أ) تخطيطي لARL6 الجينات التي تبين مواقع الطفرات وجدت في الأفراد المتضررين من أربع عائلات مع BBS3. وترد الإكسونات مربعات مظللة. الطفرات تشير إلى نص يتضمن اكسون 2A لكن ليس اكسون 2B. الحفظ (ب) تسلسل للموقع ملزم النوكليوتيدات (P حلقة) في البروتينات ملزم GTP صغيرة. يتم وضع علامة Thr31 من HsARL6 بعلامة النجمة. (ج، د) النمذجة التماثل من ARL6 على أساس التركيب البلوري للARF6 (المرجع 21) يبين الهيكل المزعوم من ARL6. الأحماض الأمينية التي الهيدروجين السندات مع GTP النوكليوتيدات وتظهر S (برتقالي مظللة) باللون الأزرق. وتظهر التغييرات الأحماض الأمينية الناتجة عن الطفرات التي تم تحديدها في الأسر التي لديها BBS3 باللون الأحمر.


كامل الشكل وأسطورة (44K) الطفرات في ARL6 فصل مع BBS في أربع عائلات مستقلة، مشيرا إلى أن ARL6 هو BBS3. ويدعم هذه الفكرة أيضا بمقارنة تسلسل الحمض الأميني ARL6 من الكائنات الحية المختلفة (التكميلي الشكل 1 على الانترنت). Gly169 غير ثابتة، وبقايا Thr31 وLeu170 يتم حفظها للغاية: بقايا 31 هو من الأحماض الأمينية مع سلسلة جانبية الهيدروكسيل (يفضل ثريونين بقوة على سيرين)، وبقايا 170 هي ليسين (باستثناء حمض أميني أساسي واحد) في 12 متواليات (الشكل التكميلي 1 على الانترنت). من المذكرة، وبقايا Thr31 يكمن في P حلقة الحفظ جدا من البروتينات ملزم GTP (الشكل 3B). طفرة T31N مماثلة في ARF1 يلغي تماما GTP ملزم في المختبر 5. وعلاوة على ذلك، overexpression من عدة بروتينات ملزمة GTP صغيرة تحور في المقابلة بقايا Thr31 تنتج الظواهر الخلوية بما يتفق مع فقدان أو خفض، وظيفة. لذلك، وقد استخدم هذا overexpression على نطاق واسع لدراسة وظائف مختلف أعضاء الأسرة ARF-ARL في الجسم الحي، بما في ذلك ARF1، ARF5، ARF6، ARL1، ARL3 وARL7 (الحكام. 18، 19، 20). لتحديد الآثار المحتملة للتغيرات الأحماض الأمينية التي وجدناها، ونحن على غرار ARL6 على بنية homolog 21، ARF6، وهو 43٪ مطابقة و 62٪ مماثلة في تسلسل الأحماض الأمينية. جميع المخلفات المتغيرة ثلاثة التجمع قرب، أو هي جزء من، موقع ملزمة GTP (الشكل 3C، د)، وربما تؤثر على النشاط ملزم GTP وبالتالي وظيفة ARL6. معا المتخذة، هذه النتائج تشير كذلك إلى أن الملاحظة استبدال الحمض الأميني في ARL6 هي المسببة للأمراض.

هناك أدلة متزايدة على أن نقل BBS معقد في بعض العائلات، مع طفرة الثالثة في موضع الثاني بوصفها لتعديل أي من انتفاذ أو التعبيرية 22، 23. حددنا عائلة، NF-B10، والتي شقيقتين المتضررة متماثل فيما يتعلق 1179T الطفرة G في BBS1 (مما أدى إلى استبدال الحمض الأميني M390R)؛ واحد منهم هو أيضا متخالف فيما يتعلق 859G طفرة C في BBS3 (التكميلي الشكل 1 على الانترنت). وأشار التقييم السريري أن شقيقة مع ثلاثة تحولات يتأثر أشد فيما يتعلق ببعض المظاهر السريرية لBBS (الجدول 1)، مما يشير إلى أن طفرة إضافية في BBS3 قد يكون بمثابة معدل.

الجدول 1. مقارنة بين المظاهر السريرية لشقيقتين المتضررة في الأسرة NF-B10 مع BBS

الجدول الكامل وتورط RAB، ARF وARL البروتينات في مختلف جوانب الاتجار غشاء حيوي على الرغم من أنه لم يتم استكشافها وظيفة ARL6 في الكثير من التفاصيل. ARL6 الموسومة راصة دموية في الغالب عصاري خلوي، والزميلة مع الأغشية في المختبر في وجود GTP nonhydrolyzable التناظرية GTP S 17. يتفاعل مع ARL6 الوحيدات من heterotrimeric قناة البروتين استيراد SEC61 (المرجع 17)، ولكن أهميتها الفسيولوجية لهذه النتيجة غير واضحة. لتسليط الضوء على وظيفة ARL6، ولدت لنا C. خطوط المعدلة وراثيا ايليجانس معربا عن GFP الموسومة ARL-6. وأظهر تحليل هذه الخطوط التي ARL-6-GFP هو عصاري خلوي، حيث وجد في أجسام الخلايا، التشعبات، المناطق المنطقة الانتقالية (أقرب إلى الهيئات القاعدية التي عثر عليها في قاعدة أهداب) والهياكل المهدبة في الخلايا العصبية الحسية (الشكل 4A ). في توطين الخلية بالتالي مماثلة لتلك التي GFP أعرب وحده في الخلايا العصبية الحسية (التكميلي فيديو 1 على الانترنت). لتحليل ما إذا كان ARL-6 يمكن أن تشارك في العمليات الاتجار داخل الخلايا الحيوية، قمنا بتحليل خطوط المعدلة وراثيا عن طريق الوقت الفاصل بين المجهري. لاحظنا أن البروتين GFP الموسومة خضع IFT في ciliaryaxoneme (الشكل 4B والتكميلي عن مقطع فيديو 1، 2، 3، 4، 5، 6 على الانترنت). وقعت حركة ARL-6-GFP في كلا الاتجاهين الوراء وتقدمي على طول هدب عند 0.82 و 0.64 مللي ثانية -1 على التوالي. هذه المعدلات هي مماثلة لتلك التي من dynein- الآخر ويرتبط كينيسين البروتينات IFT 8.

الرقم 4. التعريب وIFT من ARL-6 في الخلايا العصبية المهدبة من C. ايليجانس.
(أ) تدخل الفرق النقيض (DIC)، GFP مضان، ودمج الصور من مناطق الرأس والذيل من الديدان تعبر عن الموسومة GFP ARL-6 الانصهار البروتين. ARL-6-GFP المترجمة في قاعدة أهداب في الهياكل ذات الصلة إلى الهيئات القاعدية (المناطق الانتقالية؛ TZ) وعلى طول axonemes الهدبية (CIL). ويلاحظ إشارات أيضا على طول التشعبات (دن) والمحاور (لا يظهر) وداخل خلايا الجسم الرئيسي (البنك التجاري). وتظهر أجسام الخلايا العصبية فقط لذيل المهدبة. (ب) Kymographs تظهر حركة الجسيمات ARL-6-GFP. ويظهر شريط النطاق أسفل كل لوحة، وثلاثة أطر زمنية (كل 1000 مللي ثانية) تظهر حركة الجسيمات واحد (السهام) في اتجاه تقدمي، بعيدا عن المناطق الانتقالية (تلطيخ مكثفة على اليسار في كل لوحة).


كامل الشكل وأسطورة (21K) اكتشافنا أن BBS3 يشفر بروتين، ARL6، التي يتم التعبير على وجه التحديد في الخلايا المهدبة ويخضع IFT في C. ايليجانس لديها العديد من الآثار الهامة. ARL6 هو أول بروتين BBS المرتبطة الكشف عن هويته التي تقترح وظيفة الخلوية، وهي أن من بروتين ملزمة GTP صغيرة المتورطين في الاتجار غشاء المرتبطة داخل الخلايا العمليات على الفور تسلسل الحفظ تطويريا 1. ARL6 هو أيضا عضو معروف أول من الأسرة RAB SAR-ARF-ARL من البروتينات ملزم GTP صغيرة لتترافق مع المرض الوراثية البشرية. الرابط بين ARL6 وIFT يمتد دور هذه العائلة البروتين المتنوعة لتشمل الاتجار ليس فقط في العصارة الخلوية السليم، ولكن أيضا في الخيط المحوري الهدبية. وبالنظر إلى أن BBS4 تساعد استهداف بروتين centrosomal، PCM1، بطريقة تعتمد على داينين ​​24، وأن الآخرين C. ايليجانس البروتينات BBS المصاحب الخضوع IFT 14، فإننا نقترح أن البروتينات BBS المصاحب حصة عموما وظيفة مشتركة تتعلق عمليات الاتجار داخل الخلايا، مثل نقل المكونات الخلوية (على سبيل المثال، أو غيرها من البروتينات المرتبطة الحويصلة) إلى جسيم مركزي، ل الجسم القاعدية والجهاز الهدبية. ومن المتوقع هذه الوظيفة الخلوية المشتركة للبروتينات BBS المصاحب، حيث أن الظواهر المرتبطة الطفرات في مختلف BBS مواضع لا يمكن تمييزها 4. البروتينات الصغيرة الأخرى ملزمة GTP، مثل ARL2L1 المحددة في هذه الدراسة، قد يكون لها وظائف أهداب محددة مماثلة. ويتم التعبير عن ذبابة الفاكهة السوداء البطن ARL3 وARL6 تحديدا في الخلايا chemo- وميكانيكية حسية مهدب 25، ومطلوب الليشمانيا ARL3 لسوطي سلامة 6. وبالمثل، ARL3 الثدييات يموضع إلى مبصرة ربط هدب في قضبان الشبكية والأقماع وعلى هذا النحو، يمكن أن تكون متورطة في التهاب الشبكية الصباغي 26. كما تم الكشف عن العديد من GTPases RAB في الأسواط من الطحالب الخضراء Volvox الراجعية 27. ولذلك سيكون موضع اهتمام خاص إلى التركيز على البروتين الأسرة ملزم GTP صغيرة لتحديد كيفية أعضاء مختلف تسهيل النقل بين الخلايا القائم على أنيبيب، والعمليات cilia- والمتعلقة سياط، وخاصة فيما يتعلق اضطرابات الإنسان التي لها الهدبية أو العصبية مكون.

طرق
تحديد BBS3 الجينات المرشحة.
أنشأنا الشخصي ماركوف المخفية النموذجي (HMM) باستخدام HMMER v1.8.4 (المرجع 28) لتحديد C. الجينات ايليجانس تحتوي اكس بوكس المواقع التنظيمية في مناطق المروج المنبع بهم. نحن شيدت HMM الشخصي من مجموعة تدريب 14 X التي تحتوي على مربع الجينات التي يقتصر على الخلايا العصبية المهدبة التعبير: Y105E8A.5، F20D12.3، Y75B8A.12، T25F10.5، Y41G9A.1، T27B1.1، R31. 3، F02D8.3، F38G1.1، F59C6.7، F33H1.1، K08D12.2، Y110A7A.20 وF40F9.1a. استخدمنا هذا الملف HMM لمسح كامل C. ايليجانس الجينوم (wormbase نسخة WS110) وحددت 368 الجينات مع تسلسل إجماع X-مربع (درجة الخام> 14.0) الحالي ضمن 1.5 كيلوبايت من كودون البداية. نحن تحميلها من Ensembl ملف تنسيق FASTA واحد يحتوي على سلاسل الببتيد جميع C. ايليجانس X الجينات التي تحتوي على المربع الذي حددنا باستخدام EnsMart. نحن تحميل مجموعة من هومو فريدة من نوعها مجموعات العاقل من بناء 119 من UniGene من المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية. باستخدام مستقل BLAST من المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، قارنا C. ايليجانس تسلسل البروتين مع H. مجموعات العاقل UniGene التي كتبها TBLASTN مع قطع ذات قيمة E وضعت في 1 10 -6. لكل C. البروتين ايليجانس، جمعنا كبار H. ضرب العاقل من إخراج BLAST وفرز هذه وفقا لعدد الصبغيات والموقف. ثلاثة H. انخفضت مجموعات العاقل UniGene ضمن الفترة الحرجة BBS3 (الشكل 1A).

GFP مضان المجهري C. ايليجانس النسخي ومتعدية يبني.
لإنتاج بنيات GFP النسخي لBBS-3 مرشح الجينات (ARL-6 وY37E3.5)، كنا الانصهار PCR لإدخال 5 'تسلسل UTR من كل جين من المنبع تسلسل GFP الكامل الترميز (بما في ذلك تسلسل إشارة توطين النووية ) وUNC-54 3 'UTR 10. و-6P ARL :: بناء GFP يتضمن 1197 سنة مضت من 5 'UTR (وبي بي 14 الأولى من اكسون 1) وY37E3.5p :: بناء GFP يتضمن 1160 سنة مضت من 5' UTR (وبي بي الأول من 14 اكسون 1). أنشأنا بنيات GFP متعدية لBBS-3 (ARL-6P :: GFP) من خلال دمج تسلسل كامل exonic وintronic من ARL-6 (بما في ذلك 1197 سنة مضت من 'UTR 5) من المنبع GFP (بدون تسلسل توطين النووية) و قيادة الأمم المتحدة-54 3 'UTR. تم التعبير عن هذه الجينات المحورة GFP كما صفائف خارج الصبغي في dpy-5 (e907)؛ مثال [dpy-5 (+)] الديدان، ولدت كما هو موضح سابقا 10. للتصوير لايف، ونحن يجمد الديدان (باستخدام 15 ملي الليفاميزول)، التي شنت عليها على منصات الاغاروز وتصور لهم على المجهر الفلورسنت زايس Axioskop 2+ مركب. تم التقاط الصور ومقاطع الفيديو باستخدام الإصدار الشمالية الكسوف 6.0 البرمجيات.

المواضيع.
تم تشخيص الأفراد مع BBS إذا كانت إرضاء وضع معايير +3. اجتمعنا لفيف متعددة الأعراق كبيرة، تضم 300 عائلة مع BBS. حصلنا على عينات الدم مع الموافقة، وفقا للبروتوكولات التي وافق عليها المواضيع الإنسان لجان أخلاقيات المناسبة في كل مؤسسة مشاركة، واستخراج الحمض النووي باستخدام الأساليب القياسية.

تحليل طفرية من BBS3 الجينات المرشحة.
نحن محاذاة تسلسل ARL6، ESRRBL1 وARL2L1 مع المقابلة تسلسل الجينوم البشري وتحديد الحدود اكسون-إنترون. حددنا التسلسلات المرافقة بكل exons الترميز واستخدمها لتصميم الاشعال (تسلسل المتاحة حسب الطلب) ان تضخيم الإكسونات والحدود اكسون-إنترون من كل جين. تم تنقيته منتجات التضخيم PCR، التسلسل وتحليلها كما هو موضح 23.

تحليل تسلسل البروتين والنمذجة التماثل.
حصلنا على ARL6 تسلسل البروتين من بنك الجينات والانحياز لهم باستخدام الإعدادات الافتراضية مع ClustalX. H. والعاقل ARF6 الانحياز يدويا لARL6 بناء على التقرير السابق 2. وقد تم وضع نماذج التماثل من HsARL6 باستخدام السويسري الموديل مع HsARF6 كقالب. تم التلاعب ARL6 نموذج ثلاثي الأبعاد الناتجة عنها، وتقديمها في PyMOL.

عناوين المواقع.
وراثة مندلية على الانترنت في الإنسان هو متاح في http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi؟db=OMIM. Wormbase يتوفر في http://www.wormbase.org/. Ensembl يتوفر في HTTP: //www.ensemblorg/. السويسري الموديل متاح في http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html. بروتين بنك المعلومات غير متاحة في http://www.rcsb.org/pdb/. المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية يتوفر في http://www.ncbi.nlm.nih.gov/. ماركوف المخفية النموذجي متاح في http://hmmer.wustl.edu/. PyMOL يتوفر في http://www.pymol.org.

أرقام الانضمام.
بنك الجينات: ESRRBL1، NM_018010؛ ARL2L1 (ترميز افتراضية البروتين DKFZp761H079)، NM_182896؛ ARL6، NM_032146. بروتين بنك المعلومات: HsARF6، 1HFV.

ملاحظة: معلومات تكميلية يتوفر على موقع علم الوراثة الطبيعية.

أعلى تلقى 1 يونيو 2004؛ وقبلت 19 يوليو 2004، نشرت على الانترنت: 15 أغسطس 2004.

المراجع
  • تاكاي، Y.، ساساكي، T. & Matozaki، T. البروتينات الصغيرة GTP ملزم. الفيزيولوجيا. القس 81، 153-208 (2001).
  • Pasqualato، S.، رينو، L. & Cherfils، J. المنتدى و، ARL، آرب وسار البروتينات: عائلة من البروتينات ملزم GTP مع جهاز الهيكلي للاتصالات "الظهير الأمامية" EMBO النائب 1035-1041. (2002). | المادة |
  • Beales، PL، Elcioglu، N.، وولف، AS، باركر، D. & Flinter، معايير FA الجديدة من أجل تحسين تشخيص متلازمة بارديه-بيدل: نتائج مسح السكان J. ميد. جينيه. 36، 437-446 (1999).
  • Katsanis، N. خصائص قليل الجينات متلازمة بارديه-بيدل. همهمة. مول. جينيه 13، R65-R71 (2004). | المادة |
  • Dascher، C. & بالش، WE المسوخ المثبطة المهيمنة من كتلة ARF1 الشبكة الإندوبلازمية إلى جولجي النقل والتفكيك الزناد من جهاز جولجي. J. بيول. كيم 269، 1437-1448 (1994).
  • Cuvillier، A. وآخرون. LdARL-3A، وهو الليشمانيا المشيقة محددة ADP-ribosylation عامل مثل البروتين، ضروري لسلامة السوط. J. خلية العلوم 113، 2065-2074 (2000).
  • إنجل، T. وآخرون. هو فعل عامل ADP-ribosylation (ARF) تشبه 7 (ARL7) الكوليسترول التحميل ويشارك في ئي AI-تعتمد تصدير الكولسترول. FEBS بادئة رسالة. 566، 241-246 (2004). | المادة |
  • روزنباوم، JL & Witman، GB Intraflagellar النقل. نات. القس خلية بيول. 13-825 (2002).
  • Pazour، GL & روزنباوم، والنقل، والتي تعتمد على أهداب الأمراض JL Intraflagellar. بيول اتجاهات خلية 12، 551-555 (2002). | المادة |
  • انسلي، SJ وآخرون. ضعف الجسم القاعدية هو السبب المحتمل للعديد المظاهر متلازمة بارديه-بيدل. الطبيعة 425، 628-633 (2003). | المادة |
  • لي، BJ وآخرون. تحديد الجينومي المقارن من سوطي الحفظ والبروتينات الجسم القاعدية التي تتضمن الجينات رواية لمتلازمة بارديه-بيدل. CELL 117، 541-552 (2004). | المادة |
  • شيفيلد، VC آخرون. التعرف على متلازمة موضع بارديه-بيدل على الكروموسوم 3 وتقييم نهج فعال لرسم الخرائط جود زيجوت متماثلة الألائل. همهمة. مول. جينيه. 1331-1335 (1994).
  • الشباب، TL آخرون. الكندية الأسرة متلازمة بارديه-بيدل يقلل من المنطقة الحرجة من BBS3 (3P) وتقدم مع النمط الظاهري متغير. آم. J. ميد. جينيه. 78، 461-467 (1998). | المادة |
  • Blacque، عمر الفاروق وآخرون. فقدان C. ايليجانس BBS-7 و BBS-8 النتائج ظيفة البروتين في العيوب أهداب والنقل intraflagellar خطر. الجينات ديف 18، 1630-1642 (2004). | المادة |
  • غدامي، M. وآخرون. بارديه-بيدل نوع متلازمة 3 في الأسرة الإيرانية: دراسة سريرية وتأكيدا لتوطين المرض AM. J. ميد. جينيه 94، 433-437 (2000). | المادة |
  • Haycraft، CJ، شافر، JC، تشانغ، وفاء، Taulman، PD ويودر، BK تحديد CHE-13، وهو بروتين النقل intraflagellar رواية اللازمة لتشكيل أهداب. إكسب. خلية الدقة. 284، 251-263 (2003). | المادة |
  • Ingley، E. وآخرون. رواية ADP-ribosylation مثل عامل (ARL-6)، يتفاعل مع قناة SEC61beta الوحيدات التي تضطلع البروتين. FEBS بادئة رسالة 459، 69-74 (1999). | المادة |
  • هيكسون، GR آخرون. Arfophilins هي مزدوجة المنتدى و/ راب 11 البروتينات الملزمة التي تنظم توزيع الاندوسوم إعادة التدوير وترتبط ذبابة الفاكهة الغبار النووي. مول. بيول. خلية 14، 2908-2920 (2003). | المادة |
  • هوانغ، CF، ليو، YW تونغ، L.، لين، CH & لي، FJ دور لArf3p في تطوير الأقطاب، ولكن ليس الإلتقام، في خميرة الخباز. مول. بيول. خلية 14، 3834-3847 (2003). | المادة |
  • لو، L.، هورستمان، H.، نغ، C. & كونغ، تنظيم WJ هيكل جولجي وظيفة من قبل ARF مثل البروتين 1 (Arl1). J. خلية العلوم 114، 4543-4555 (2001).
  • Pasqualato، S.، Menetrey، J.، فرانكو، M. & Cherfils، J. دورة الناتج المحلي الإجمالي / GTP الهيكلية للالبشري Ar

 

__________________
استشارى الادوية الطبيعيه وباحث وخبير فى علاجات التوحد
رد مع اقتباس